Tras las constitución del Consejo de Hermandades y Cofradías en 1987, se determinó la celebración de un Vía Crucis organizado por el mundo cofrade con la imagen del Santísimo Cristo de las Aguas de la Parroquia de San Francisco de Asís, legado recogido por un grupo de jóvenes palmeños que constituyeron una cofradía de oración y acción social dentro de la Parroquia de San Francisco de Asís, con un claro espíritu franciscano, donde primaban las actividades solidarias muy alejados del concepto
tradicional de cofradía procesional.

Quedó así constituida la Hermandad de Penitentes del Santísimo Cristo de las Aguas en el año1991, y de esta forma empezaron a revivir las estaciones del Vía Crucis , el Lunes Santo, en oración por las calles y plazas de Palma. De esta forma desde el año 1992, año en que se realizó el primer Vía Crucis, acompañando a su titular por las calles y rincones que discurren entre la parroquia de San Francisco y la parroquia de la Asunción, acompañado no sólo por los hermanos penitentes sino también por numerosos feligreses y devotos de su Titular, reviviendo una una las estaciones hacia la muerte y resurrección de Jesús, todos juntos en silencio y oración con el característico sonido de una campana que acompaña a la cruz de guía.

Se trata de una hermandad marcada desde sus inicios por la juventud de sus hermanos y con un compromiso permanente con los niños, colaborando año tras año junto al resto de hermandades de San Francisco en la campaña de recogida de juguetes nuevos para ser entregados el día de Reyes Magos.

Es una cofradía marcada por su austeridad y que cada año otorga mayor importancia a su estación de penitencia, llegando hasta la Parroquia de la Asunción donde realiza estación de penitencia ante Jesús Sacramentado del Sagrario parroquial.

La hermandad tiene como titular al Santísimo Cristo de las Aguas, obra del imaginero cordobés, José Izquierdo, donado a la parroquia de San Francisco por Antonia Martínez Lora y bendecido por el párroco Rafael Flores Morante en la cuaresma de 1961. La imagen fue restaurada entre 2009 y 2010 por el imaginero palmeño Manuel Jacob Quero Velasco.

En el año 2021 se adquirió una imagen de la Pura y Limpia Concepción de María , obra del imaginero palmeño Javier Cumplido, convirtiéndose en la cotitular mariana de la cofradía. A la Inmaculada le fue impuesta su nueva corona obra de de Orfebrería San Juan de San Juan de Aznalfarache (Sevilla) inspirada en la corona de la Inmaculada de Alonso Martínez ubicada en la sacristía mayor de la Catedral de Sevilla. El acto de bendición se realizó el 7 de diciembre de 2021, Vigilia de la Inmaculada Concepción y participaron las Hermanas Franciscanas de los Sagrados Corazones del colegio Inmaculada como madrinas del acto.