La antigua capilla de Ánimas, con bóveda gótica de nervios rectos y curvos decorados con taqueados junto a un arco plateresco, se atestigua como el lugar primigenio del convento por su disposición, espadaña e integración en el claustro.

Aunque los orígenes del templo y la mayoría de sus capillas se sitúan entre los siglos XVII y XVIII, gran parte de su patrimonio fue destruido a lo largo de su historia por desamortizaciones, guerras e incendios. Sin embargo, lo que siempre se ha mantenido es su impronta franciscana y su característico color blanco exterior. La constitución como Parroquia es lo que da su aspecto final al templo que hoy conocemos, donde destaca su gran nave central, con altos arcos y bóveda central, así como las capillas laterales del lado izquierdo o de la epístola, que por orden desde la entrada al templo son: las de Jesús en la Oración en el Huerto, la Virgen de Belén, San Antonio, el Santo Sepulcro y el Panteón de la familia Cívico.

En cuanto al altar mayor, destaca el retablo de color verde con tallas en oro, presidido por una imagen de San Francisco en su parte superior y otra imagen mariana en su parte central, bajo la advocación de María Reparadora, en referencia a la Virgen como reparadora del pecado original.

Se consolida como el templo cofrade por excelencia, ya que, además de su vinculación histórica con hermandades y cofradías, en la actualidad son tres las hermandades penitenciales que tienen su sede en dicho lugar. Las conocidas popularmente como Hermandad de las Aguas, Hermandad del Huerto y Hermandad del Santo Sepulcro, además de la Hermandad de la Salud, cuya sede se encuentra en la Parroquia de la Inmaculada en Pedro Díaz, pero que realiza cada año su salida procesional desde esta parroquia.