El Colegio Salesiano “San Luis Rey” se inaugura el 16 de Septiembre de 1.963, con la llegada de los primeros salesianos. Pero no es hasta años más tarde cuando se terminaría la iglesia de María Auxiliadora. Fue con D. Luis Hernández Casado, primer director del colegio y Vicario Inspectorial con sede en Córdoba, junto con la ayuda inestimable de Doña Enriqueta Moreno de la Cova, los que terminaron la Iglesia y el Teatro.

El edificio de la Iglesia es de construcción moderna con una única nave central. Preside la iglesia la imagen de María Auxiliadora en la hornacina central del presbiterio, en la hornacina izquierda se encuentra el fundador de los salesianos San Jua Bosco y a la derecha un Sagrado Corazón de Jesús, dado que el colegio en sus primeros años fue un centro de formación para salesianos coadjutores. En la parte trasera de la nave se encuentra el coro alto.

El Altar Mayor de la Iglesia de María Auxilidora se consagra con gran solemnidad por el Obispo de Córdoba, Don Manuel Fernández-Conde y García de Rebollar en el año 1966, asistido por el director del Colegio, D. Rafael Moreno, y el administrador, D. Manuel Manso. Actúa el Coro del Teologado Salesiano de Posadas.

Desde el año 2005, debido a la falta de vocaciones, no hay comunidad religiosa, siendo pastoralmente atendida la casa salesiana por diversas comunidades (Sede inspectorial, Colegio Mayor, Alcalá de Guadaira y Córdoba). Este cambio hizo que ya no hubiera misa diaria en la iglesia de María Auxiliadora, pero siempre se ha mantenido la misa dominical, la conmemoración a María Auxiliadora todos los 24 de cada mes y los actos y cultos de los distintos grupos de la Familia Salesiana.