Los primeros ecos de la hermandad en la Historia datan de los últimos momentos del siglo XVI, cuando según una recopilación de información realizada en siglos posteriores, se afirma que el 6 de diciembre de 1596 fueron aprobadas sus primeras reglas. Sin embargo, será en el siglo XVII cuando la corporación experimente un gran desarrollo, fruto del cual nos ha llegado bastante información y patrimonio de la Cofradía del Nazareno. Ya en 1610, encontramos una relación de cuentas conservada en el Archivo General del Obispado de Córdoba, de la cual pueden extraerse detalles esenciales como el nombre de su hermano mayor y el hecho de que la citada corporación había surgido tiempo antes. Además de ello, en este siglo se producen también unas nuevas reglas realizadas en 1662, las antiguas imágenes perdidas en el siglo XX, el traslado de las imágenes a la capilla donde reciben culto las actuales y en la década finisecular, la realización en 1691 y 1693, respectivamente, de la cruz, peana y faroles de plata que a día de hoy siguen formando parte patrimonial de la cofradía, obras del orfebre Diego Gallego. 

El siglo XVIII presentó mayores dificultades para el mundo cofrade palmeño en general, siendo una centuria de profundos cambios y transformaciones en la Hermandad del Nazareno. El avance de las ideas ilustradas fue en detrimento de tradicionales costumbres populares forjadas durante el Barroco. Una de ellas, fue la de procesionar en la madrugada del Viernes Santo, algo prohibido en la época, pasando a hacerlo una vez ya hubiese amanecido, horario que se mantuvo hasta el siglo XIX. A pesar de ello, la devoción a Jesús Nazareno se mantuvo sobre las dificultades, tal y como pasó con la de Nuestra Señora de la Piedad, ante la que el obispo de Córdoba concedió una indulgencia a todo aquel que orase frente a la imagen en 1757. Incluso, tenemos constancia de la existencia de unas cuentas de la Cofradía de la Piedad realizadas de manera independiente a las del Nazareno en 1766 y 1773.  

A pesar de que nuestra cofradía era, por su antigüedad y fuerza devocional, una de las referentes en la Palma del Río de los siglos XVIII y XIX, la primera parte de la centuria del diecinueve no estuvo exenta de dificultades y problemáticas. Ya fuesen consecuencia de la Guerra de Independencia, de las carestías de la época o de los edictos del obispo Trevilla en la década de los veinte, la Hermandad quedó prácticamente paralizada aunque nunca llegando a su desaparición. Al parecer, durante la segunda mitad de siglo cristalizó una paulatina recuperación permitiendo que la del Nazareno fuese una de las pocas cofradías de la localidad palmeña, como tenemos constancia en diversos documentos de finales del XIX. 

Así pues, las dos primeras décadas del XX presenciaron una asociación cofrade general palmeña en la que se integró la Hermandad del Nazareno como una de sus partes esenciales. Sin embargo, dicho siglo marcó un antes y un después en nuestra Historia, pues en el fatídico año de 1936, las imágenes de la corporación fueron destruidas en su totalidad. No obstante, la devoción al Señor de Palma logró sobrevivir junto con parte de su patrimonio: la cruz, peana y faroles del XVII junto con la túnica de las estrellas obra del XVIII, entre otros. Esto llevó a su refundación en 1940 como Hermandad de excombatientes de Nuestro Padre Jesús Nazareno y Nuestra Señora de la Piedad. Tras ello, fueron realizadas las nuevas y actuales imágenes de Nuestro Padre Jesús Nazareno, María Santísima de la Piedad y san Juan Evangelista por parte del imaginero valenciano Pío Mollar Franch ese mismo año, llegando a nuestra ciudad un año después.